Cranio-sacrale therapie werkt via het onderbewuste autonome zenuwstelsel en oefent via Nervus Vagus neurologische invloed uit op de aansturing van ons lichaam via de sympaticus (overdag) en parasympaticus (`s nachts). De sympathicus en de parasympathicus zijn in hun werking nauwkeurig op elkaar afgestemd. Een toenemende activiteit van het ene systeem (overdag) gaat gepaard met een verminderende activiteit van het andere. Het is een samenhangend meer of minder in een dag en nachtritme onder leiding van Nervus Vagus. Parallel hieraan functioneren de adrenerge en cholinerge stoffen uit het hormonale systeem om deze aansturingsprocessen te versterken. Dit heeft invloed op alle fysiologische systemen, zoals hartslag, bloedcirculatie, ademhaling, spijsvertering, uitscheiding, energiepeil, immuunwerking, lymfe, voortplanting, innerlijke rust en slaappatronen etc.

Tussen onze oren ligt het limbische systeem wijdverbreid langs de randen van de ventrikels en stuurt ons voortdurend onbewust aan. Al onze waarnemingen gaan eerst naar het limbische systeem en krijgen daar een soort waardering van o.a. goed of niet goed gevoel mee en sturen de directe en onbewuste reacties aan. Ons primair reageren gebeurt vanuit onze gevoelens!! Pas in tweede instantie worden we ons bewust van wat we waarnemen en ontstaat communicatie met de (pre) frontale cortex (onze bovenkamer), waar denkpatronen worden ontwikkeld. Nu komen onze referentiekaders naar voren uit onze conditionering, onze opvoeding en daar uit voort vloeien waardeoordelen. Nu begint bewust actie, interactie en de reactie daarop uit onze omgeving.
Deze actie- en reactiepatronen hebben invloed op sacrale, viscerale en pariëtale systemen.